Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Na terenie Nadleśnictwa występuje 6 Specjalnych Obszarów Ochrony Siedlisk NATURA 2000:

„Źródła Rajecznicy"

Powierzchnia 194,27 ha, w tym na gruntach Nadleśnictwa 162,65 ha. Ostoja "źródła Rajecznicy" leży na terenie gminy Irządze. W sąsiedztwie kilku strumieni dających początek Rajecznicy wykształciły się przede wszystkim lasy łęgowe. Na powierzchni kilku hektarów, przy brzegach doliny, w niewielkich zagłębieniach obecny jest ols porzeczkowy. W otoczeniu zabagnionej doliny przeważa świeży bór sosnowy. W północno-wschodniej części Ostoi zachowały się zmienno wilgotne łąki kośne, na których między innymi występuje licznie kosaciec syberyjski.

„Dolina Górnej Pilicy"

Powierzchnia 11 193,22 ha, w tym na gruntach Nadleśnictwa 262,67 ha. Obszar położony jest w Krainie świętokrzyskiej, w okręgu Włoszczowsko-Jędrzejowskim. Występują tutaj duże, w większości naturalne kompleksy leśne (grądy, lasy mieszane świeże i wilgotne oraz w dolinach rzecznych -lasy łęgowe i olsy). Meandrująca rzeka Pilica, której towarzyszą liczne starorzecza, tworzy malowniczą dolinę. Wzdłuż koryta ciągną się gęste zarośla wierzbowe oraz lasy nadrzeczne, o silnie zróżnicowanych drzewostanach, którym towarzyszą podmokłe łąki, charakteryzujące się dużą różnorodnością biologiczną: bogactwem fauny i flory, zwłaszcza gatunków związanych z siedliskami wilgotnymi. Dolina Górnej Pilicy należy do najistotniejszych ostoi fauny w Polsce środkowej. Jedne z najliczniejszych i najlepiej zachowanych populacji w tej części kraju mają tu: bóbr europejski, traszka grzebieniasta, kumak nizinny, minóg ukraiński czy czerwończyk fioletek. W "Dolinie Górnej Pilicy" licznie reprezentowane są przyrodniczo cenne gatunki ptaków.

„Dolina Białej Nidy"

Powierzchnia 5 116,84 ha, w tym na gruntach Nadleśnictwa 75,35 ha. Obszar obejmuje dolinę rzeki Białej Nidy z jej dopływami - lewym rzeką Lipnicą i prawym rzeka Kwilanką. Sama dolina Białej Nidy tworzy granicę między Niecką Włoszczowską  na północy, a znajdującym się na południu Płaskowyżem Jędrzejowskim. Obszar Biała Nida stanowi interesujący z przyrodniczego punktu widzenia zespół podmokłych siedlisk łąkowych i leśnych oraz licznych stawów rybnych. W regionie świętokrzyskim Dolina Białej Nidy to jeden z obszarów najbogatszych w siedliska przyrodnicze. Niemal wszystkie są dobrze i bardzo dobrze zachowane, stanowią miejsce bytowania dla wielu rzadkich gatunków roślin i zwierząt. Biała Nida jest łącznikiem pomiędzy rzeką Nidą a rzeką Pilicą, a zatem jest to ciąg łączący znaczące korytarze ekologiczne.

„Suchy Młyn"

Powierzchnia 524,27 ha, w tym na gruntach Nadleśnictwa 33,88 ha. Obejmuje fragment doliny rzeki Pilicy w jej górnym biegu, o łącznej długości ok. 11 km. Rzeka na tym odcinku nie jest uregulowana i płynie w głębokim, naturalnie wyżłobionym i silnie meandrującym korycie. Rzeka Pilica charakteryzuje się rytmiczną zmiennością prędkości nurtu oraz głębokości wody. Praca wykonywana przez rzekę (erozja wgłębna i boczna, transport materiału i jego akumulacja) przy ciągłym ruchu wody sprawia, że siedliska w samym korycie rzeki i w całej dolinie są bardzo różnorodne i dość często ulegają zmianom. Ta niezwykła różnorodność środowisk przekłada się na różnorodność funkcjonujących tu ekosystemów wodnych i lądowych. Spośród wszystkich siedlisk występujących w ostoi, największą powierzchnię zajmują siedliska łąkowe i zaroślowe (ogólnie 65% pokrycia), następnie lasy liściaste (21% pokrycia), siedliska rolnicze (ogólnie 10% pokrycia), a najmniej lasy iglaste (4% pokrycia).  Jest to jedno z 6 istniejących w Polsce stanowisk języczki syberyjskiej. Dane z końca lat osiemdziesiątych przynoszą informację o występowaniu minoga strumieniowego między Szczekocinami a Koniecpolem, zaś nowsze badania (publikacja z 2006 oraz 2007) potwierdzają jego występowanie na odcinku poniżej Koniecpola. Znana biologia gatunku pozwala przypuszczać, że istniejące na odcinku Pilicy w granicach obszaru Natura 2000 Suchy Młyn warunki siedliskowe są dla niego odpowiednie. Ostoja jest miejscem występowania również gatunków chronionych zwierząt (ssaki, płazy, gady), co dodatkowo podnosi walor przyrodniczy ostoi.

„Ostoja Kroczycka"

Powierzchnia 1 391,16 ha, w tym na gruntach Nadleśnictwa 5,06 ha. Usytuowany jest w środkowej części Wyżyny Częstochowskiej i obejmuje kilka pasm wzniesień jurajskich, z których większość jest zwieńczona licznymi ostańcami skalnymi o różnorodnych kształtach. Szata tego terenu jest zróżnicowana, a duża jego część jest pokryta lasami. Na wzniesieniach można spotkać płaty różnych zespołów buczyn, a w niższych partiach i obniżeniach wyścielonych piaskami – drzewostany. Doskonałe warunki znajdują tu bardzo cenne zbiorowiska roślinne związane z podłożem wapiennym.  Olbrzymim walorem obszaru są występujące tu jaskinie.

"Białka Lelowska"

Powierzchnia 7,23 ha, nie występuje na gruntach Nadleśnictwa ale w ich bezpośrednim sąsiedztwie, w zasięgu administracyjnym Nadleśnictwa. Rzeka Białka na odcinku Lelów-Wąsosz stanowi jeden z lepiej zachowanych cieków o charakterze pstrągowym w województwie śląskim. Krajobraz przez który płynie jest urozmaicony - są to łąki kośne i rolniczo wykorzystywane, fragmenty nieużytków, zbiorowiska leśne. Rzeka niesie czyste wody, a koryto jest piaszczyste. Niektóre odcinki są uregulowane, na innych rzeka meandruje. Z żyjących tutaj ryb na uwagę zasługuje pstrąg potokowy, kiełb, głowacz białopłetwy, śliz. Na całym odcinku Białki spotyka się ślady aktywności bobrów.

OZW PLH240034 „Buczyny w Szypowicach i Las Niwiski", powierzchnia 256,09 ha nie występuje na gruntach Nadleśnictwa jak też w zasięgu terytorialnym. Położony jest w bezpośrednim sąsiedztwie gruntów w zarządzie Nadleśnictwa.